Григорий Котовский родился 24 июня 1881 года в бессарабском селе Ганчешты в семье инженера-механика. Отец будущего революционера официально принадлежал к мещанскому сословию, но происходил из шляхетского рода.
В детстве Котовский заикался из-за последствий несчастного случая, и поэтому стал объектом насмешек сверстников. Чтобы не дать себя в обиду, он занялся тяжёлой атлетикой и стал очень силён физически. Позже он также увлёкся боксом.