Матильда Кшесинская родилась 31 августа 1872 года в Лигово, под Петербургом, в семье артистов балета Мариинского театра. Её отец был хореографом, он танцевал ещё при императорском дворе Николая I и популяризировал в России мазурку. Танцами занимались также брат и сестра Матильды.
Кшесинская утверждала, что настоящая фамилия их семьи — Красинские и они потомки графского рода, а их прямой предок скрылся от родственников, чтобы не пострадать в кровопролитной борьбе за наследство.
Кшесинская получила образование в Императорском хореографическом училище, танцевала в балетах и операх.